Sampai dengan 21 Januari 2025, Pascasarjana mengelola 10 program studi (prodi) Pascasarjana (2 program doktor, 7 program magister, dan 1 program profesi insinyur). Mulai 22 Januari 2025, melalui Keputusan Rektor UNSRAT, Pascasarjana mengelola 16 prodi lainnya (5 program doktor dan 11 program magister). Dengan demikian, jumlah prodi yang dikelola oleh Pascasarjana sebanyak 26 (7 program doktor, 18 program magister, dan 1 program profesi insinyur).